در 1570-1571، فاماگوستا آخرین سنگر در قبرس ونیزی بود که در مقابل ترکان تحت رهبری مصطفی پاشا مقاومت کرد. در برابر محاصره سیزده ماهه و بمباران وحشتناک مقاومت کرد تا اینکه سرانجام پادگان تسلیم شد. نیروهای عثمانی 50000 نفر از جمله پسر مصطفی پاشا را از دست داده بودند. اگرچه در شرایط تسلیم مقرر شده بود که نیروهای ونیزی اجازه بازگشت به خانه خود را داشته باشند، فرمانده ونیزی، مارکو آنتونیو براگادین، زنده کشته شد، ستوانش تیپولو به دار آویخته شد و بسیاری از مسیحیان دیگر کشته شدند.

با ظهور حکومت عثمانی، لاتین‌ها موقعیت ممتاز خود را در فاماگوستا از دست دادند و از شهر اخراج شدند. بومیان یونانی قبرسی ابتدا مجاز به مالکیت و خرید ملک در شهر بودند، اما در سالهای 1573-1574 از شهر محصور شده تبعید شدند و مجبور شدند در خارج از منطقه ساکن شوند که بعداً به واروشا تبدیل شد. خانواده‌های ترک از آناتولی در شهر محصور شده اسکان داده شدند، اما نتوانستند ساختمان‌هایی را که قبلاً میزبان جمعیت 10000 نفری بودند، پر کنند. این امر باعث کاهش شدید جمعیت فاماگوستا شد. بازرگانان فاماگوستا، که عمدتاً متشکل از لاتین‌هایی بودند که اخراج شده بودند، در لارناکا اسکان داده شدند و با رونق گرفتن لارناکا، فاماگوستا اهمیت خود را به عنوان یک مرکز تجاری از دست داد. با گذشت زمان، واروشا به دلیل موقعیتش دور از باتلاق‌ها به یک شهر کشاورزی پررونق تبدیل شد، در حالی که شهر محصور شده ویران باقی ماند.

در شهر محصور شده، برخی از ساختمان‌ها برای تامین منافع جمعیت مسلمان تغییر کاربری دادند: کلیسای جامع سنت نیکلاس به یک مسجد (که اکنون به نام مسجد لالا مصطفی پاشا شناخته می‌شود.)، یک بازار توسعه یافت، حمام‌های عمومی، فواره‌ها و یک مدرسه الهیات برای پاسخگویی به نیازهای ساکنان ساخته شد. خیابان‌های بن‌بست، یکی از ویژگی‌های شهری عثمانی، به شهر وارد شد و روحیه جمعی ایجاد شد که در آن تعداد کمی از خانه‌های دو طبقه که در آن طبقه کوچک بالا زندگی می‌کردند، با خانه‌های یک طبقه گسترده همزیستی داشتند.